A história principal de "NieR: Automata" é dividida em três processos. Embora as duas primeiras passagens tenham muitas sobreposições, a terceira deixa claro que ainda há muita história a ser explorada mesmo após a primeira jogada.
Embora você precise completar três processos principais, o jogo tem vários finais, alguns mais completos que outros, e alguns exigindo que você desempenhe funções específicas e execute ações específicas. Aqui estão todos os três personagens jogáveis e como alternar entre eles.
A história de "NieR: Automata" gira em torno de 2B, 9S e A2. 2B e 9S são parceiros e dependendo de quanto tempo você gasta em cada processo, eles podem ocupar a maior parte do jogo. Cada personagem tem seu próprio estilo de luta e, mesmo que você sempre equipe o mesmo chip plug-in, jogar como cada personagem em todas as três transmissões cria uma experiência totalmente nova. 2B, 9S e A2 são personagens jogáveis ao longo do jogo, mas trocar os personagens de controle pode não ser tão simples.
Na primeira rodada do jogo, você não pode trocar de personagem em nenhum momento. As funções controladas em cada processo são as seguintes:
Depois de escolher um dos finais principais do jogo, você desbloqueará o Modo de Seleção de Capítulo, onde agora poderá escolher qual personagem controlar. Usando o modo de seleção de capítulo, você pode escolher qualquer um dos 17 capítulos do jogo e começar de novo. Em muitos capítulos, você verá os números no lado direito da tela mudarem com base nas missões secundárias concluídas ou incompletas. Se um personagem exibir algum número no capítulo, você poderá optar por reproduzir o capítulo como esse personagem.
Alguns dos capítulos posteriores, a maioria deles no processo três, só permitem que você jogue como um personagem específico, e isso não mudará. A seleção de capítulos permite alterar os personagens a qualquer momento, mas você também precisará alterar o progresso do jogo para onde quer que o personagem possa controlar na história principal. Contanto que você salve o jogo antes de entrar em outro capítulo, todas as ações concluídas no modo de seleção de capítulo serão mantidas, permitindo que você suba de nível em todos os três personagens à medida que avança para o nível máximo.